Kann meine Schwester in einer meiner Wohnungen mietfrei wohnen, ohne dass das Finanzamt Stress macht?

Ja, denn Deine Frage ist unklar und Deine Anlage V zur Steuererklärung unvollständig. Ich nehme aber jetzt mal an, dass es Dir nur um die vermietete Wohnung geht. Bei dieser Wohnung versteuerst Du möglicherweise zuviel Mietertrag, da Du angabegemäß nicht alle zugehörigen Mietkosten (= Werbungskosten) deklarierst.

In der Anlage V sind auf Seite 1 die Bruttomieterträge (also Kaltmiete plus Einnahmen aus Betriebskosten) zu deklarieren. Auf der nächsten Seite stehen die Werbungskosten für die Wohnung. Ob die Werbungskosten vollständig bei der vermieteten Wohnung anerkannt werden, richtet sich nach der Höhe der Mieteinnahmen im Vergleich zur ortsüblichen Marktmiete. Lies bitte § 21 Abs. 2 EStG:

1Beträgt das Entgelt für die Überlassung einer Wohnung zu Wohnzwecken weniger als 66 Prozent der ortsüblichen Marktmiete, so ist die
Nutzungsüberlassung in einen entgeltlichen und einen unentgeltlichen
Teil aufzuteilen.

2Beträgt das Entgelt bei auf Dauer angelegter Wohnungsvermietung mindestens 66 Prozent der ortsüblichen Miete, gilt die Wohnungsvermietung als entgeltlich.

Quelle: http://www.buzer.de/s1.htm?a=21&g=EStG

Mit der angabegemäß unentgeltlichen Wohnungsvermietung an Deine Schwester könntest Du Stress vom Finanzamt bekommen, wenn Du von ihr Miete in Form von Bargeld bekommst und diese Miete nicht in Deiner Steuererklärung deklarierst. Du könntest dann erpressbar werden.

Wie schon zu Deiner anderen Frage geschrieben, kannst Du die Kosten, die auf die vermietete Wohnung entfallen abziehen.

Die Kosten für die Wohnung, die Deine Schwester mietfrei bewohnt, kannst Du nicht abziehen.

Aber natürlich darfst Du Deine Schwester mietfrei wohnen lassen.

Es wird keinen Stress geben.