kann man Kreditrate auch von zwei verschiedenen Girokonten abbuchen lassen, als Rate teilen?

Das mit dem Abbuchen von zwei Konten wird keine Kreditbank mitmachen. Dann müßt ihr als gemeinsame Kreditnehmer, schon ein gemeinsames Konto eröffnen, auf das ihr eure Anteile zahlt.

Was sollte denn die Bank machen, wenn plötzlich auf dem einen Konto keine Deckung ist, aber auf dem anderen?

Für Euch zwar erstrebenswert, aber eine völlig praxisfremde Idee.