Muss ich abreißen weil ich Instandhaltung gemacht habe?

Vorab: Bitte bei solchen Fragen wenigstens das betroffene Bundesland nennen. Das erleichtert die Einordnung, da Baurecht zum allergrößten Teil Landesrecht ist.

Hey also es geht darum das ich einen Bungalow in einer kleingartensiedlung habe der hat da 70 qm ..

Unzulässig gem. § 3 Abs. 2 BKleingG.

Bei der Übergabe letztes Jahr hatte man mir gesagt ich muss das Dach machen

Erfolgte die Übernahme unter Abstandszahlung vom Vorpächter oder direkt vom Verein?

dieses Jahr war es soweit ich habe ca die Hälfte vom Haus das Dach
abgenommen nach dem ich den Verein Bescheid gegeben habe Dabei haben wir festgestellt das das Mauerwerk für das neue Dach nicht geeignet ist also musste ich diese anpassen mit Steinen aber genau in der gleichen
Größe also nicht vergrößert( die Ecke vom Haus beträgt ca 8x8 m also die
Seiten wand und die hintere wand wo aber nur jeweils ca 4 m ab der Ecke
gemacht wurden) 

Ganz schlechte Karten.

und jetz kam das Liegenschaftsamt und hat mich gefragt was ich da tue ob
ich illegal anbaue darauf hin habe ich verneint und gesagt was ich
mache was auch ok war

Das Liegenschaftsamt kommt nur, wenn jemand anonym Anzeige erstattet hat bzw. bei einer Begehung eine Unregelmäßigkeit aufgefallen ist.

die Dame meinte nur ich solle vorsichtshalber einen dreizeiler
schreiben bevor der , der mich mein Liegenschaftsamt gemeldet hat es
auch beim Bauamt tut und dort auch sagt ich baue illegal an.

Exakt. So ist es übrigens auch.

Ich habe das dann so gemacht und dann meldete sich darauf hin das Bauamt und meinte ich hätte es beantragen müssen das es illegal bauen ist wo ich dachte es reicht das was ich gemacht habe ...ja und das Bauamt will
jetz von mir das ich bis auf die 36qm abreiße was aber nicht sein kann
weil ich es ja machen musste und es notwendig war

Du irrst.

Gemäß BKleingG kann eine Laube nur maximal 24m² groß werden inkl. Freisitz; Abweichungen davon haben u.U. (!) Bestandsschutz; vor allem dann, wenn die Gebäude seinerzeit in der ehem. DDR unter anderer Rechtsgrundlage erstellt respektive genehmigt wurden. Voraussetzung für einen Bestandsschutz ist aber stets, dass das Gebäude zum Zeitpunkt der Genehmigung / Errichtung formell und materiell dem damals geltenden Recht entsprach. Ob dies hier der Fall war, kann ohne Details noch nichtmal abgeschätzt werden, jedoch spricht die Wahrscheinlichkeit dafür.

Die Krux des Bestandsschutzes ist aber, dass am Baukörper selbst keinerlei Änderungen erfolgen dürfen. Man kann also zwar renovieren, aber bauliche Änderungen wie hier durch Änderung der Dachkonstruktion und der Außenwände sind unzulässig, und führen zum Erlöschen des Bestandsschutzes insgesamt. Und das kostet Dich jetzt richtig viel.

zumal ich jetz vom Liegenschaftsamt mehrere Luftaufnahmen bekommen habe wo man sieht das es mindestens seit 10 Jahren so steht

Irrelevant. Im Bau- und Eigentumsrecht gibt es keinerlei Gewohnheitsrecht, aus dem man irgendwelche Forderungen ableiten könnte.

Aktuell wurde mir mündlich ein Baustopp ausgesprochen woran ich mich
halte aber geht es so einfach das ich jetz abreißen muss weil ich es nur
reparieren wollte ?

Wenn du Pech hast, ja. Da sind die zuständigen Bauämter rigoros, eben weil so viele ungenehmigte / schwarz ausgebaute und zum dauerhaften Aufenthalt geeignete Lauben in den Kleingärten aus dem Boden gestampft wurden.

Ich sollte Baugenehmigung vom Bau vorlegen als der Bungalow errichtet wurde aber die habe ich nicht wie gesagt es steht ja auch schon ewig.

Eine Genehmigung muss es dennoch geben, üblicherweise im Archiv der zuständigen Baubehörde. Gibt es die gar nicht, ist das Ganze ein lupenreiner Schwarzbau. Du solltest dir einen Anwalt nehmen, um deine Ansprüche gegenüber dem Verkäufer / Veräußerer dieser Parzelle prüfen zu lassen; hier liegt evtl. ein verdeckter Mangel vor. Auf einen Streit vor dem Verwaltungsgericht brauchst du es m.E. gar nicht ankommen zu lassen; die Sachlage dürfte erdrückend eindeutig sein (und die Kosten wären immens). 

Das ist / wird ganz sicher eine Angelegenheit für einen Fachanwalt.

Es gibt auch Vereine, die für wenig Jahresbeitrag fachkundig helfen können.

Als Einzelkämpfer ist man der Behördenwillkür ausgeliefert, die jede Gelegenheit nutzt um sogen übergrosse Lauben-Häuschen zu beseitigen.