Darf man mit 15 + 16 nach Mitternacht Zug fahren?

Darfst Du.

Die Altersbeschränkungen gelten nur für den Besuch von Gaststätten, Diskotheken und Konzerten.

Es gibt keine Ausgangssperre für Minderjährige. Auch nicht in der Bahn.

verweigern nicht, da gab es in der vergangenheit einige fälle, wo jugendliche nachts aus dem zug "geworfen" wurden.

rechne damit, dass die kontrollettis die (bahn)polizei rufen, um dich an der nächsten haltestelle in empfang zu nehmen, aber nur, wenn du keine fahrkarte hast ;-)

Meines Wissen nach darf man ja nicht draußen nach Mitternacht wenn man noch nicht 18 ist.

Das ist falsch.

Würde man [unter 18-jährigen] dann die Fahrt verweigern?

Nein, solange du / ihr einen gültigen Fahrschein habt und kein Grund dazu besteht, euch rauszuwerfen ( ob ihr stark alkoholisiert seid, Konsum von Essen/Trinken (je nach Bahnunternehmen), ob ihr Vandalismus betreibt oder sonstwie gegen Beförderungsbestimmungen verstoßt), muss die Bahn euch befördern.

Übrigens schreibt die Bahn kein Mindestalter für vor.

Mit Zustimmung der Eltern dürft ihr 24/7 draußen sein und Zug fahren.