Ich habe am 31.12.15, 14:00 Uhr meine Sondertilgungsmöglichkeit meiner Kreditverträge wahrgenommen, gebucht wurde es aber erst am 04.01., was nun?

Das Eingangsdatum auf dem Konto ist hier nicht relevant, sondern die Wertstellung auf dem Empfängerkonto. Das muss aber laut § 675s BGB tatsächlich erst der 4.1. sein, nämlich am folgenden Werktag nach Ausführung der Überweisung.

Also kann die Bank diese Tilgungszahlung ablehnen.

Lies bitte:

... und der 31. Dezember sind keine Bankarbeitstage.

Quelle: https://de.wikipedia.org/wiki/Bankarbeitstag

Somit wurde 2015 keine Sondertilgung empfangen (auch nicht als Geldbündel im Bankbriefkasten). Allenfalls Kulanz kann Dir helfen.

Kleiner Tipp: Demnächst rechtzeitig informieren!