Mittlerweile kann ich die Frage selbst beantworten und tue dies, damit WohnRiester-Sparer in ähnlicher Situation wissen, was ihnen bevorsteht:

Es wird das gesamte im Wohnförderkonto angezeigte Kapital auf einmal dem zu versteuernden Einkommen hinzugerechnet. Meine Bank hatte mich insofern falsch informiert, als sie meinte, ich müsste die Zulagen und Steuerersparnisse zurückzahlen. Das ist falsch. 

Je nachdem, wie viel im Wohnförderkonto nach Entnahme für WohnRiester aufgelaufen ist, kann der zu versteuernde Betrag SEHR hoch sein, da nicht nur das entnommene Kapital aufgeführt wird, sondern dieses auf mit 2,5% p.a. "verzinst" wird. Wenn man nun nach der Entnahme die Selbstnutzung aufgibt, weil man sich getrennt hat, wird man normalerweise in Steuerklasse 1 statt zB 3 besteuert. Es kann also sein, dass man die Steuervorteile in StKl. 3 bekommen hat, nun aber das angesparte und entnommene Kapital in StKl. 1 versteuern muss. Je nach Situation (3 mit Kinderfreibetrag, oder StKl. 1 mit halben Kinderfreibeträgen) kann hier ein wesentlich höherer Betrag fällig werden, als sich aus der Summe der Steuervorteile und der Zulagen über die Jahre berechnen würde.

Ich habe eine Weile damit gerungen, dass hier mehrere Tausend Euro fällig werden, die ich weder als Steuervorteil noch als Zulagen erhalten habe. Es ist aber letztlich nur die Anwendung der gleichen Regelung, die einem im Alter, also bei Eintritt in den Ruhestand, eine niedrigere Besteuerung des bis dahin aufgelaufenen Wohnförder-Kontostands ermöglicht. Es ist letztlich meine private Entscheidung, wenn ich mich von meinem Partner dann trenne, wenn ich gerade einen höheren Steuersatz zahle, als das im Alter der Fall gewesen wäre, oder während der Ansparphase der Fall war. Ich wünschte nur, dass nicht im Internet bis auf 1 (!) Quelle immer bloß von der Rückzahlung der Zulagen und Steuerermäßigungen die Rede wäre. Das ist falsch: Es wird der gesamte entnommene Betrag inklusive der seither aufgelaufenen "Zinsen" auf einen Schlag dem zu versteuernden Einkommen zugerechnet. Das kann ein großer Unterschied sein, und ist es insbesondere bei Aufgabe der Selbstnutzung wegen Trennung regelmäßig, außer man hat zwischenzeitlich aufgehört zu arbeiten (wie es bei einem Rentner der Fall wäre).