Auch wenn es Deine Frage nicht beantwortet, ob eine Bank das darf oder nicht - denn das weiss ich leider nicht...
Ich meine, dass es auf die Frage "dürfen die das?" nicht ankommt.
Denn selbst wenn sie es dürfte oder auch nicht, dauert es ja ewig, bis das rechtlich geklärt wäre und ändert nichts an der vertrackten Situation. Die Bank macht das einfach erstmal so und hat ja Zeit, sitzt also erstmal am längeren Hebel. Die haben ihr Geld - und Du kannst Dich mit denen streiten und richtig Aufwand betreiben (ändert finanziell auf dem Konto nichts, nur kräftemässig) oder Du kannst es lassen.
In beiden Fällen musst Du einen anderen Weg für Deine Überweisung finden (Geld vom Freund leihen o. ä. - jdfls. NICHT von dieser Bank!).
Ich verstehe das richtig: Du hast bei einer Bank ein Privatkonto und ein Geschäftskonto. Dein P-Konto ist 1000 EUR im Minus, dann gehen 4500 auf Dein G-Konto ein und die Bank bucht 1000 EUR einfach um.
Entweder, Du hast die Bank mit irgendwas richtig geärgert. Also unzuerlässige Kontoführung, nicht an Absprachen gehalten, dauernd Lastschriftrückgaben, Du bist nicht erreichbar, eine Kontopfändung in letzter Zeit, Insolvenzverfahren... dann reagieren manche Banken so.
Oder Du hast Dich normal benommen und die Bank tickt nicht richtig.
In beiden Fällen bist Du bei einer Bank, von der Du Dich schnellstens trennen solltest. Im ersten Fall ist diese Bank als "verbrannte Erde" zu betrachten und Du solltest es mit der nächsten Bank besser machen (wenn Du keine zu schlechte SCHUFA hast, sollte ein Bankwechsel nur ein organisatorisches Problem sein). Im zweiten Fall ist das eine Oberfrechheit, was die Bank mit Dir anstellt und Du solltest die Beine in die Hand nehmen, um Dich nicht weiter verarschen zu lassen.