Hallo Mareike,
wenn der Verdienst von beiden angestellten Arbeitsverhältnissen gleich ist, ist es auch egal, welcher mit der Steuerklasse 6 besteuert wird. Grundsätzlich würde ich den Verdienst der höher ist mit der Steuerklasse 1 abrechnen lassen und den niedrigeren mit der 6. Da Du aufgrund Deiner freiberuflichen Tätigkeit und der angestellten Tätigkeiten sowieso einkommensteuerpflichtig bist, also immer eine Steuererklärung anfertigen mußt, ist die Lohnsteuer, die über die Steuerklasse 1 oder 6 anfällt, sozusagen Vorauszahlungen für die Jahresabrechnungen. Die Steuerklassen sind eigentlich nur für die monatliche Lohnabrechnung. Bei der Einkommensteuererklärung fragt keiner nach Deiner/n Steuerklasse/n, da wird Dein gesamtes zu versteuerndes Einkommen errechnet (alle Einkünfte abzüglich aller zu berücksichtigen Ausgaben) und wieviel Einkommensteuern darauf zu zahlen sind. Wenn Du dann über die monatlichen Lohnabrechnungen bereits Lohnsteuern gezahlt hast erfolgt dann die Verrechnung: entweder Du mußt noch an das Finanzamt zahlen oder Du bekommst eine Erstattung.